今天文章重点：实用！（6-11分SCI都偏爱这个Style）
SRAMP：m6A甲基化位点预测网站
甲基化数据库系列传送门
引药生变数据库系列传送门（完结）
▌数据库概览
进入SRAMP主页（http://www.cuilab.cn/sramp），网站页面对新手很友好。首先，映入眼帘的是关于m6A甲基化修饰介绍，m6A即N6-甲基腺苷甲基化修饰，属于转录后水平修饰，广泛存在于哺乳动物转录组中，介导转录本RNA降解、亚细胞定位、剪接加工和成熟及结构动力学等过程。m6A甲基化修饰依赖于特定RNA基序和甲基化修饰相关酶。RNA基序指的特定RNA序列及其结构特征，例如但不限于DRACH、GAC基序。相关酶便是大家耳熟能详的readers、writers和erasers蛋白。SRAMP数据库是北京大学崔庆华教授团队于2015年开发并发表在Nucleic Acids Research杂志，在机器学习框架下提取并整合m6A位点及其周围序列和结构特征构建训练集，随后基于目标RNA序列进行测试分析，提供潜在m6A修饰位点信息。在使用SRAMP时仅需要提供目标RNA序列，无需加载任何外部组学数据，同样适用于lncRNA、circRNA等非编码RNA的情况。
除了在线预测之外，该数据库还提供Windows离线版本，可点击Download下载安装包，并查看帮助文档。
▌数据库核心功能及操作演示
点击Prediction进入m6A修饰位点预测功能页面，数据库提供两种预测方式：
（1）在左边输入框，以含有内含子的转录本进行预测，该方式预测结果准确性更好，务必输入完整的转录本序列；
（2）在右侧输入框，以不带内含子的成熟mRNA进行预测，该方式为替代策略，仅支持输入无内含子的成熟mRNA序列，无法预测内含子中的m6A位点。数据库作者推荐第一种方式。
RNA secondary structure为RNA二级结构，提供预测的m6A位点周围局部RNA二级结构的文本和图形可视化结果，需要运行更长时间等待，因此默认禁用该功能。
Tissue，预测范围可选择HEK293和A549细胞系，CD8+T细胞，脑或肝脏组织，网站默认为Generic全基因组范围内预测。
以上两种预测方式都支持输入mRNA、DNA或cDNA序列，提交预测任务前需要选择输入的核酸序列类型。
以第一种方式为例，点击Click here加载示例核酸序列，RNA secondary structure选择yes，其他参数默认，点击Submit提交预测任务，页面显示检索任务信息，提示等待刷新。
页面刷新得到预测结果，首先是数据库对预测结果的评分，并按照Position顺序依次展示预测到的m6A位点及其对应的可信度，网站提供99%、95%、90%和85%四个阈值对应very high、high、moderate和low四个级别可信度。图中结果表明示例核酸序列预测到两个潜在m6A位点，可信度都在very high以上。
页面下拉，展示上述两个m6A位点详细信息，包括Position、Sequence context（序列文本）、Structural context（结构文本）、Local structure visualization（m6A位点结构可视化结果）、Score（预测评分）和Decision（可信度等级）等信息。结构文本的含义分别是：P-成对、M-多环、I-内部环、B-凸出环、H-发夹环。点击Draw可显示二维结构图，标注有m6A位点。
以上结果网站保留72小时后自动删除，请及时保存和下载。
返回上级页面，同样以第一种方式为例，点击Click here加载示例核酸序列，不过这次的RNA secondary structure选择no，其他参数默认，点击Submit提交任务，页面刷新得到预测结果，除了无结构文本与可视化以外，与前述类似。以这种方式得到结果的速度明显快了很多，因此在预测之前可先以不预测二结构的方式来初步探索。
▌文献应用案例
本文探讨YTHDF1以m6A修饰方式调节胃癌发生和转移的潜在机制。作者首先基于GEO/TCGA数据集获悉m6A修饰与胃癌临床预后相关，随后实验证实在胃癌中YTHDF1与增殖、迁移表型的调控关系。进一步基于RNA-seq、MeRIP-seq和RIP-seq获得与YTHDF1相关的表达差异基因集，富集分析提示与蛋白酶体蛋白质分解代谢过程有关。USP14是蛋白酶体相关去泛素化酶复合物的关键组分，在SRAMP数据库预测到USP14 mRNA的3'UTR区域存在m6A甲基化位点，并以MeRIP-seq证实该结果。接下来，以StarBase2.0数据库预测到USP14 mRNA与YTHDF1结合关系，进而实验证实m6A Reader YTHDF1以m6A依赖的方式调节USP14翻译促进胃癌发生和转移。本文SRAMP数据库预测的m6A位点信息展示在Figure5A和TableS12。
结果复现如下：进入NCBI-Gene，检索USP14，可见该基因有两条转录本，我们以其DNA序列来进行m6A位点预测。
点击人类USP14基因进入详情页面，页面下拉至Genomic regions, transcripts, and products，点击右上角FASTA，复制该DNA序列。
进入SRAMP数据库，点击Prediction进入m6A修饰位点预测功能页面，左侧栏输入上述DNA序列，这时RNA secondary structure选择no以便先行初步探索，其他参数默认，点击Submit提交任务，页面刷新得到预测结果。
结果展示，预测到不少m6A位点，表格整理即可得类似于本文TableS12的表格，然而复现结果与本文TableS12不完全一致。
返回检索页面，尝试以USP14转录本进行预测。NCBI获得USP14转录本序列，以第一个转录本为例。
进入SRAMP数据库，点击Prediction进入m6A修饰位点预测功能页面，在右侧栏输入上述mRNA序列，同样RNA secondary structure选择no以便快速获得初步探索结果，其他参数默认，点击Submit提交任务，页面刷新得到预测结果，与本文TableS12仍不大一致。
按照同样方法，以另外一条转录本进行预测，结果得到9个m6A位点信息，表格中的Position信息与本文不一致，但是m6A位点信息是一样的，推测可能是转录本序列输入有差异，但是不影响结果。
返回上一层预测页面，RNA secondary structure选择yes,其他参数默认，点击Submit提交任务，页面刷新得到预测结果，点击High confidence结果的Draw查看二级结构，至于是否如作者说的该位点是3’UTR序列，给小伙伴们留作作业吧！嘿嘿~
更多文献案例学习如下：PMID: 33676554；PMID：34026852；PMID: 33869171。
以上就是SRAMP数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记引用以下参考文献！
Zhou Y, Zeng P, Li YH, Zhang Z & Cui Q (2016) SRAMP: prediction of mammalian N6-methyladenosine (m6A) sites based on sequence-derived features. Nucleic Acids Research, 44(10):e91.
往期传送门
小白实战课堂开课啦！手把手教你转录因子与靶基因预测操作～！
引药生变数据库系列传送门（完结）
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撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主编丨小雪球
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