GO和KEGG通路分析教程(一)
![](http://static.careerengine.us/api/aov2/http%3A_%7C__%7C_mmbiz.qpic.cn_%7C_mmbiz_jpg_%7C_seXv95ib5xnkgzgciavzIxDoSA5v1QYB9viaJY1Ozmr9rIFdL3Gx0AVVibLSf1SAv4tjOyzvD0Y0lvtfG0ot4iaQ0KA_%7C_0%3Fwx_fmt%3Djpeg.jpg)
做gene ontology分析首先我们需要像下图这样一列我们所感兴趣的基因,一般是通过测序数据分析Fold-change后选出来的基因
![](http://static.careerengine.us/api/aov2/https%3A_%7C__%7C_mmbiz.qpic.cn_%7C_mmbiz_jpg_%7C_seXv95ib5xnkgzgciavzIxDoSA5v1QYB9vDnbJRphMrG0B4icvNq5oQLkhiaRzaPiaicNabnvZzwOnRiaEZf9ZbZF93Dw_%7C_640%3Fwx_fmt%3Djpeg.jpg)
很显然这里面的基因类别是gene symbolID。除此以外,常用的还用gene ensembleID等等。
下面打开david网站https://david.ncifcrf.gov/
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点击function Annotation,之后list中在“paste a list”处复制表格里的基因名称,再在“step2 select identifier”中选择official gene symbolID
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”step3 gene list“中选择gene list,所有的选择如下图所示,
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点击submit list后会出现上图提醒你选择所研究物种的相关信息,这时候右侧会有实时的results,如下图所示,由于我们没有选择关心的物种,虽然我们的输入只有50左右的基因,但是在所有的数据库中却找到了8767个基因相匹配,这时需要在”list“中选择相关的物种
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由于我们测序的是人类的样品所以选择如下。再点击”select species“后可以看到现在匹配到的基因个数变成了56个,由于我们输入的基因是list2,所以下面我们选择的应该是list2
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由于是gene功能的富集分析所以我们需要选择一个背景,在这个大背景下的全部基因中,看看我们输入的基因到底和哪些功能的基因吻合的最多,这个大背景可以不由我们输入,在david中有做好的物种特异的背景,直接用就好了。
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在”background“中依旧选择人类,然后点击use,之后就可以愉快的查看结果了,我们关心的是GO和KEGG的结果,所以先点击右侧的gene_ontology,出现内容如下所示:
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其中BP代表(biological process),CC代表(cellular component),MF代表(Molecular Function),我们所关心的是BP所以点开GOTERM_direct_BP,
所得到的结果如下图:
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其中P值是一个很关键的数值,代表了随机情况下这种富集程度出现的可能性,详细的内容将在教程(二)中介绍。最中间的是富集到的term的具体的名称,count数是我们输入的基因中落在这个功能中的基因的个数。点击右上角的dowload file得到如下表格。
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这个表格我们之后会用来在R语言中绘制出最终GO分析的柱状图,相同的道理和操作,我们可以在”pathway“中选择KEGG_pathway,进行通路分析,如下图所示:
![](http://static.careerengine.us/api/aov2/https%3A_%7C__%7C_mmbiz.qpic.cn_%7C_mmbiz_png_%7C_seXv95ib5xnkgzgciavzIxDoSA5v1QYB9v5UfibSiaqQBIWxX7E04qotGSjr2Ca24bEicPJDRicl47puR9Q0KLm2SrEA_%7C_640%3Fwx_fmt%3Dpng.jpg)
同样的下载相应的表格,得到的KEGG表格如下:
![](http://static.careerengine.us/api/aov2/https%3A_%7C__%7C_mmbiz.qpic.cn_%7C_mmbiz_png_%7C_seXv95ib5xnkgzgciavzIxDoSA5v1QYB9vyd3kCdmv4s0nbv3DjvSnIjCBoibAIHfI8xpvQ8Jt5VoY5Es3aenW7TQ_%7C_640%3Fwx_fmt%3Dpng.jpg)
这个表格我们也会用来在R语言中绘制气泡图,R语言后续处理过程之后详见教程(三)。
教程(一)到此结束,主要介绍一下david的基本操作,重点是要注意自己的基因ID到底是什么类型,千万不可以搞错了。
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