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CR的高通量可视化数据库
染色质调节因子（chromatin regulators，CR）可以动态调节染色质结构，以表观遗传方式调节基因表达，从而对内源性和外源性信号提示作出反应。CR的体细胞改变或错误表达可能会对染色质的表观基因图谱进行重新编程，从而导致广泛的常见疾病，尤其是癌症。今天我们就一起来看这个通过高通量的数据分析和文献挖掘构建的CR在人类癌症的综合注释和可视化数据库——CR2Cancer数据库。
CR2Cancer数据库（http://cis.hku.hk/CR2Cancer/）的开发者来自香港大学，数据库相关文章（PMID: 29036683）于2018年1月发表在Nucleic Acids Research杂志（2019IF=11.501）上。截至2021-04-23该数据库相关文章已引用2次（数据来源：PubMed）。
开发者收集并整合了400多个不同癌症类型的CR的基因组、转录组、蛋白质组、临床和功能信息。开发者还建立了多种类型的CR相关关系，包括肿瘤类型依赖性（CR靶点和miRNA-CR）和独立性（蛋白-蛋白相互作用和药物靶点）的CR相关关系。此外，开发者还从5007份出版物中手工整理了约6000项癌症发展中CR的异常分子改变和相互作用。
浏览
数据库支持肿瘤类型、功能、突变率、差异表达、ChIP-Seq数据、药物等六种浏览方式。
1
肿瘤类型
分为原发肿瘤组织和细胞系两组，用户可根据自己的需求选择合适的类别。点击相应的原发肿瘤组织或细胞系均可进入详情页面。
以“bladder urothelial carcinoma”为例，详情页面显示了各个基因的相关信息，包括基因缩写、全名、突变率、变化倍数、P值和皮尔森相关系数。点击具体的基因名可查看该基因的具体情况。
以“KMT2D”为例，页面包括了KMT2D的功能、突变、PTM、RNA表达、拷贝数、甲基化、蛋白组学、临床、靶点、药物、互作等信息。
1.  功能
除基因的基本信息外包括①域、功能和分类、②GO分析和③KEGG和reactome通路分析。
域、功能和分类
GO分析
KEGG和reactome通路分析
2.  突变
除基因的基本信息外包括①TCGA中的突变信息、②CCLE中的突变信息、③Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC)数据库中的突变信息和④文本挖掘。
TCGA中的突变信息
CCLE中的突变信息
Catalogue of Somatic Mutations in Cancer (COSMIC)数据库中的突变信息
文本挖掘
3.  PTM
显示了各种翻译后修饰
4.  RNA表达
除基因的基本信息外包括①TCGA中的RNA表达信息、②CCLE中的RNA表达信息、③HPA中的表达信息和④文本挖掘。
TCGA中的RNA表达信息
CCLE中的RNA表达信息
HPA中的表达信息
文本挖掘
5.  拷贝数
6.  甲基化
7.  蛋白组学
除基因的基本信息外包括①TCGA中的信息和②HPA中的信息。
TCGA中的信息
HPA中的信息
8.  临床
除基因的基本信息外包括①亚型、②总生存率、③分期和④分级。
亚型
总生存率
分期
分级
9.  靶点
除基因的基本信息外包括①Targets inferred by reverse engineering method和②ChIP-Seq确定的靶点。
Targets inferred by reverse engineering method
ChIP-Seq确定的靶点
10.  药物
11.  互作
除基因的基本信息外包括①PPI、②miRNA和③文本挖掘。
PPI

miRNA
文本挖掘
2
功能
按照DNA修饰、组蛋白修饰和染色质修饰三种进行分类。点击英文基因名可进入相应的详情页面。
3
突变率
包括在TCGA组织中的突变率和CCLE细胞中的突变率。
4
差异表达
显示了在失调、上调和下调的例数。
5
ChIP-Seq数据
6
药物
检索
支持简单检索、批量检索、癌症类型检索和高级检索四种。
简单检索
批量检索
癌症类型检索
高级检索
下载
支持下载之前提到的所有数据。
总之，CR2Cancer提供了一个用户友好的web界面，可以方便地浏览、搜索和下载感兴趣的数据。我们相信该数据库将成为癌症表观遗传学研究和潜在临床应用的宝贵资源。
—END—
撰文丨阿波没有罗
排版丨豨莶
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直播主题：《医生做科研的最佳路径》
直播时间：5月8日晚18点-20点
本次直播将在哔哩哔哩和微信视频号同步播出，同时也会在双平台进行直播抽奖。大家可以去微信视频号进行直播预约，点赞推荐直播预告还有机会赢得解螺旋精美周边。


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