文章转载自公众号:流浪心球

作者:Tom Donoghue


Hello,

这里是行上行下,我是喵君姐姐~


根据 Tom Donoghue等人整理的公开可用的电生理数据列表,进行了翻译和整理,数据类型主要有EEG,MEG,ECoG / iEEG和LFP等。此开放列表中所涉及的数据集可对用于科研的用户提供开放获取,部分数据最多只需要用户进行简单注册后即可申请获取资源。


因此,在使用数据前请务必仔细核查您访问的任何数据的许可证和/或使用协议。


此合集主要包括常用的数据存储云平台、EEG数据、MEG数据、人类颅内数据、动物的LFP数据等5个部分。


第一部分  常用的数据存储平台


此部分主要介绍用于核查和检索相关数据集的存储平台、期刊和搜索引擎等内容。


1.1 常用的数据存储平台


1. Zenodo


网址:https://zenodo.org/


Zenodo主要用于个别研究数据集的托管。您可以通过搜索“ eeg”,“ meg”或类似内容,然后选择搜索页面左下方的“ Dataset”标签来找到可用的数据集。


2.Open Science Framework(OSF)


网址:https://osf.io/


OSF是一个支持开放科学的平台,其除托管特定研究的开放数据集外,还会存储一些和研究相关的其他内容。因此,尽管其存储了相应的数据,但不太容易通过数据类型等特征进行搜索。


3.Figshare 


网址:https://figshare.com/


Figshare是用于各种材料的常规存储库服务,其中包括数据集。您可以数据类型或其他明显特征进行检索,同时选择数据类型以查看可用的数据集。


4.Dryad 


网址:https://datadryad.org/


Dryad提供用于科学数据集的存储库服务,其中包括链接到可搜索的特定论文的数据,并且包括一些EEG / MEG / ECoG数据集。


5.G-Node Open Data


网址:https://doi.gin.g-node.org/


G-Node Open Data是G-Node(the German Neuroinformatics Node)在G-Node data infrastructure services 的基础上为科学数据集提供的存储服务。


6.Kaggle


网址:https://www.kaggle.com/


Kaggle是一家托管数据分析竞赛的私人公司。这些竞赛通常会为我们发布数据集,并且还会维护可用数据集的存储库。


1.2 神经科学专用数据存储平台


1.OpenNeuro


网址:https://openneuro.org/


OpenNeuro是一个免费且开放的平台,用于分析和共享神经影像数据。目前,它更专注于MRI数据集,但至少包括一个EEG-fMRI数据集,并且可能会扩展以包含更多的电生理数据。


2.Neurodata Without Borders(NWB)


网址:https://www.nwb.org/


Neurodata Without Borders(NWB)是神经生理学的数据标准,旨在促进存储,共享和归档数据的通用标准。尽管不完全是通用存储库,但它们也确实维护了公开发布的NWB数据集列表(https://www.nwb.org/example-datasets/)。


1.3 开放数据发表期刊


主要介绍专门描述公开可用数据集和/或要求公开发布数据的期刊,包括:


1.Scientific Data


网址:https://www.nature.com/sdata/


Scientific Data可发表有关公开可用数据集的简短报告。此期刊的投稿经验可查阅:Sci. Data投稿经历 | 人类企鹅项目数据


2.Data in Brief


网址:https://www.journals.elsevier.com/data-in-brief


Data in Brief可发表有关公开可用数据集的简短报告。


3.GigaScience


网址:https://academic.oup.com/gigascience


GigaScience发表必须提供所有相关数据的论文,同时需要数据上传到可被检索的GigaDB的数据库(https://gigadb.org/)中。


第二部分 EEG数据


此部分主要介绍公开可用的EEG数据或带有EEG数据的项目。


2.1 ChildMind Institute


网址:https://childmind.org/


ChildMind Institute是一家非营利性机构,参与发布大型数据集的大型研究项目。其项目主要有:


1 Project: Healthy Brain Networks


该项目包括一个约1000多成人的休息和任务脑电图数据。


主页:https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_healthy_brain_network/index.html


数据下载:https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_healthy_brain_network/sharing_neuro.html#direct-downloads


论文:Alexander, L. M., Escalera, J., Ai, L., Andreotti, C., Febre, K., Mangone, A., ... & Milham, M. P. (2017). An open resource for transdiagnostic research in pediatric mental health and learning disorders. Scientific data, 4(1), 1-26.


2 Project: Multimodal Resource for Studying Information Processing in the Developing Brain (MIPDB)


该项目包括6-44岁(n=126)年轻人群的静息和任务脑电图数据。


主页:https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_eeg/index.html


数据下载:https://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/cmi_eeg/eeg.html


论文:Langer, N., Ho, E. J., Alexander, L. M., Xu, H. Y., Jozanovic, R. K., Henin, S., ... & Kelly, S. P. (2017). A resource for assessing information processing in the developing brain using EEG and eye tracking. Scientific data, 4(1), 1-20.


2.2 Physionet


Physionet 是生理数据的存档,并且在“neuroelectric”标签下包括一些EEG数据。


主页:https://physionet.org/


数据下载:https://physionet.org/data/#neuro


论文:Goldberger, A. L., Amaral, L. A., Glass, L., Hausdorff, J. M., Ivanov, P. C., Mark, R. G., ... & Stanley, H. E. (2000). PhysioBank, PhysioToolkit, and PhysioNet: components of a new research resource for complex physiologic signals. circulation101(23), e215-e220.


此外,公开可获取的EEG数据集有:EEG Motor Movement / Imagery (n=109): https://archive.physionet.org/pn4/eegmmidb/ 等。


2.3 Patient Repository for EEG Data + Computational Tools (PREDICT)


PREDICT是EEG数据的存储库,专注于患者数据(在研究设置中收集)


主页:http://predict.cs.unm.edu/


数据下载:http://predict.cs.unm.edu/downloads.php


论文:Cavanagh, J. F., Napolitano, A., Wu, C., & Mueen, A. (2017). The patient repository for EEG data+ computational tools (PRED+ CT). Frontiers in neuroinformatics11, 67.


2.4 Temple University Hospital (TUH) Corpus


THU Corpus是临床情况下记录的大量脑电图(医院数据)。


主页:https://www.isip.piconepress.com/projects/tuh_eeg/


数据下载:https://www.isip.piconepress.com/projects/tuh_eeg/html/request_access.php


论文:Obeid, I., & Picone, J. (2016). The temple university hospital EEG data corpus. Frontiers in neuroscience10, 196.


2.5 EEGbase


EEGbase是电生理数据的数据库。注:您首先需要注册,然后网站上有“添加到购物车”和“完整订单”工作流程,但是数据集是免费的。


主页:https://eegdatabase.kiv.zcu.cz/


论文列表:http://www.nnw.cz/obsahy12.html#22.016


目前以提供的可用的数据集有:

  • ERP数据集,Visual P300范例(n = 20): 

论文https://doi.org/10.1186/2047-217X-3-35

(请注意,该数据在GigaDB上也可用)


  • ERP OddBall实验,猜数字游戏(n = 250): 

论文:https://doi.org/10.1038/sdata.2016.121


  • 有关发展协调障碍的ERP数据集(n = 32): 

论文:https://doi.org/10.1093/gigascience/gix002


  • 使用驾驶模拟器进行脑电活动(n = 15): 

论文:https://doi.org/10.5220/0006249504410450


2.4 Neuroimaging Tools & Resource Collaboratory (NITRC)


NITRC是用于神经影像工具,资源和数据集的通用存储库社区委员会。通常,具有比列出的数据集更多的工具,并且没有关于EEG的特定信息,但是它确实包含一些可用的EEG数据集。


主页:https://www.nitrc.org/


论文:Kennedy, D. N., Haselgrove, C., Riehl, J., Preuss, N., & Buccigrossi, R. (2016). The NITRC image repository. NeuroImage124, 1069-1073.


可用的数据集包括:

  • 视觉奇数任务(n = 18): 

    数据:https://www.nitrc.org/projects/vep_eeg_raw

    论文:https://doi.org/10.1016/j.dib.2017.11.032

  • 分类任务(n = 14): 

    数据:https://www.nitrc.org/projects/eegdataanimal

  • 静息状态功能磁共振成像/脑电图(n = 8):

     数据:https://www.nitrc.org/projects/cwleegfmri_data

2.5 ERP Core


ERP-CORE(开放资源和实验纲要)资源包含实验范例和脚本,ERP的示例数据和示例处理脚本,包括N170,MMN,N2pc,N400,P3,LRP,以及ERN。关于此内容的更多详情可查阅:ERP CORE:事件相关电位研究的开放资源


主页:https://osf.io/thsqg/


论文:Kappenman, E. S., Farrens, J. L., Zhang, W., Stewart, A. X., & Luck, S. J. (2021). ERP CORE: An open resource for human event-related potential research. NeuroImage225, 117465.


2.6 BNCI Horizon 2020


BNCI Horizon 2020专门收集和BCI相关的EEG数据集。


主页:http://bnci-horizon-2020.eu/database/data-sets


2.7 Montreal Archive of Sleep Studies (MASS)


MASS是来自医院睡眠实验室的大约200名参与者的整夜睡眠记录的集合。


主页:https://massdb.herokuapp.com/en/


数据下载:https://massdb.herokuapp.com/en/get-access/


论文:O'reilly, C., Gosselin, N., Carrier, J., & Nielsen, T. (2014). Montreal Archive of Sleep Studies: an open‐access resource for instrument benchmarking and exploratory research. Journal of sleep research23(6), 628-635.


2.8 National Sleep Research Resource


NSRR提供大量生理信号的资源,包括来自研究和临床研究的含EEG的多导睡眠图记录。


主页:https://sleepdata.org/


数据下载:https://sleepdata.org/datasets


论文:Dean, D. A., Goldberger, A. L., Mueller, R., Kim, M., Rueschman, M., Mobley, D., ... & Redline, S. (2016). Scaling up scientific discovery in sleep medicine: the National Sleep Research Resource. Sleep, 39(5), 1151-1164.


2.9 Individual EEG Datasets (Research Systems)


提供来自实验室研究者收集的EEG数据。


  • Motor Imagery BCI Data (n=52): 

    数据:http://gigadb.org/dataset/100295

    论文:https://doi.org/10.5524/100295

  • Simultaneous EEG & NIRS during cognitive tasks (n=26): 

    数据:https://depositonce.tu-berlin.de//handle/11303/6271.2

    论文:https://doi.org/10.1038/sdata.2018.3

  • EEG during grasp and lift (n=12): Data - Paper

    数据:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.988376

    论文:https://doi.org/10.1038/sdata.2014.47

  • EEG, MEG & fMRI data with perceptual task (n=19): 

    数据:https://www.nitrc.org/projects/vep_eeg_raw

    论文:https://doi.org/10.1016/j.dib.2017.11.032

  • EEG data with TMS with visual perception task (n=16): 

    数据:https://datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.1nr07

    论文:https://doi.org/10.1038/sdata.2016.65

  • EEG with Motion Capture during treadmill walking (n=8): 

    数据:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.3894013.v1

    论文:https://doi.org/10.1038/sdata.2018.74

  • EEG data with a visual spatial attention task (n=45):

    数据:https://osf.io/bwzfj

    论文:https://doi.org/10.1152/jn.00860.2015

  • EEG data with a visual working memory task, ERP design (n=104): 

    数据:https://osf.io/a65xz/

    论文:https://doi.org/10.1093/cercor/bhx336

  • EEG data with a visual working memory task, CDA design (n=76): 

    数据:https://osf.io/8xuk3

    论文:https://doi.org/10.1162/jocn_a_01233

  • EEG data with a covert visual spatial attention task (n=50): 

    数据:https://osf.io/m64ue

    论文:https://doi.org/10.1177/0956797617699167

  • OpenMIIR: EEG data during music perception and imagination (n=10):

    数据:http://www.ling.uni-potsdam.de/mlcog/OpenMIIR-RawEEG_v1/

    主页:http://www.owenlab.uwo.ca/research/the_openmiir_dataset.html

  • EEG data from subjects napping after a working memory task (n=22): 

    数据:https://osf.io/chav7/

    论文:https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2017.08.030

  • DEAP: Database for Emotion Analysis, EEG data + video recording, while watching videos (n=32): 

    数据:http://www.eecs.qmul.ac.uk/mmv/datasets/deap/

    论文:https://doi.org/10.1109/T-AFFC.2011.15

  • A collection of EEG tasks with speech studies (n=84, split across 5 tasks): 

    数据:https://doi.org/10.5061/dryad.070jc

    论文:https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.01.080

  • EEG recordings with concurrent EMG while doing everyday tasks (n=27): 

    数据:http://researchdata.gla.ac.uk/676/

  • Multi-modal (EEG, EMG, EOG) recordings during movement tasks (n=25): 

    数据:http://dx.doi.org/10.5524/100788

    论文:https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa098

  • EEG BCI recordings during mental imagery, across sessions & interaction paradigms (n=13): 

    数据:https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.3917698.v1

    论文:https://doi.org/10.1038/sdata.2018.211

  • EEG resting state data, with MRI anatomical scans (n=12)

    数据:https://doi.org/10.5061/dryad.v9f16

    论文:https://doi.org/10.1371/journal.pone.0146845

  • Multi-day, multi band SSVEP dataset for BCI applications (n=30): 

    数据:https://doi.org/10.5524/100660

    论文:https://doi.org/10.1093/gigascience/giz133

  • Multi-day, dataset from sleep (naps) recorded after visual working memory task (n=22): 

    数据:https://osf.io/chav7/

    论文:https://doi.org/10.1016/j.dib.2018.04.073

  • EEG dataset from subjects viewing images (n=24): 

    数据:https://doi.org/10.12751/g-node.bcccab

    论文:https://doi.org/10.1016/j.dib.2019.103857


2.10 Individual EEG Datasets (Consumer Systems)


提供收集的关于消费者的EEG数据。


  • MNIST of Brain Data from MindBigData (n=1 with 1.2 million trials): 

    数据:http://mindbigdata.com/opendb/index.html

  • ImageNet of the Brain from MindBigData (n=1 with 70,000 trials): 

    数据:http://mindbigdata.com/opendb/imagenet.html

2.11 Other lists of EEG Data


还有一些其他可用的EEG数据列表,包括:

  • 公开策划的EEG数据列表

    数据:https://github.com/meagmohit/EEG-Datasets

  • 公共脑电数据的SCCN列表

    数据:https://sccn.ucsd.edu/~arno/fam2data/publicly_available_EEG_data.html


第三部分 MEG数据


此部分主要介绍公开可用的MEG数据或带有MEG数据的项目。


3.1 Open MEG Archive (OMEGA)


OMEGA是MEG数据的开放式存储库,研究人员均在其存储数据。


主页:https://www.mcgill.ca/bic/resources/omega



论文:Niso, G., Rogers, C., Moreau, J. T., Chen, L. Y., Madjar, C., Das, S., ... & Baillet, S. (2016). OMEGA: the open MEG archive. Neuroimage, 124, 1182-1187.


3.2 Human Connectome Project (HCP)


Human-Connectome项目是一个大型的多站点项目,主要关注MRI,但包含MEG数据的子集。


主页:https://www.humanconnectome.org/study/hcp-young-adult



3.3 Cambridge Center for Ageing Neuroscience (CAMCAN)


CAMCAN包含来自大型队列的任务和休息数据,年龄在18-88岁之间(n = 652)。


主页:https://camcan-archive.mrc-cbu.cam.ac.uk/



3.4 Individual MEG Dataset



  • Classification of Multimodal Stimulus Presentation - Visual & Auditory (n=52):

数据:https://osf.io/m25n4/

论文:https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005938

  • Multi-subject, multimodal face processing dataset including fMRI, MEG, EEG (n=16):

数据:https://openneuro.org/datasets/ds000117/versions/1.0.0

论文:https://doi.org/10.1038/sdata.2015.1

  • Decaf dataset, movie clip watching (n=30)

数据:http://mhug.disi.unitn.it/wp-content/DECAF/DECAF.html


第四部分 人体颅内数据


本节包含人类参与者的颅内数据(仅在临床背景下收集),包括脑电图(ECoG)数据集(有时也称为颅内EEG(iEEG)或立体脑电图(sEEG))以及任何可用的人类单项单位数据。


4.1 MNI Open iEEG Atlas


MNI Open iEEG地图集是来自多中心收集项目(n = 106)的iEEG数据的存储库。


主页:https://mni-open-ieegatlas.research.mcgill.ca/


4.2 iEEG.org


iEEG.org是NIH支持的颅内EEG数据存储库。


主页:https://www.ieeg.org/


4.3 University of Pennsylvania Computational Memory Lab


  • The cognitive electrophysiology data portal has a list of publications that have available electrophysiological data.

主页:https://memory.psych.upenn.edu/Electrophysiological_Data


  • The 'Restoring Active Memory' project is coordinate collection of ECoG data, with memory tasks (n=251).

主页:https://memory.psych.upenn.edu/RAM


4.4 Stanford Collection of ECoG Data


  • A collection a 16 tasks across a group of ECoG patients (n=250).

主页:https://purl.stanford.edu/zk881ps0522

论文Miller, K. J., Hermes, D., Pestilli, F., Wig, G. S., & Ojemann, J. G. (2017). Face percept formation in human ventral temporal cortex. Journal of neurophysiology118(5), 2614-2627.


4.5 Individual ECoG Datasets


  • Multicenter resting state and sleep ECoG data


主页:https://camcan-archive.mrc-cbu.cam.ac.uk/

论文Nejedly, P., Kremen, V., Sladky, V., Cimbalnik, J., Klimes, P., Plesinger, F., ... & Worrell, G. (2020). Multicenter intracranial EEG dataset for classification of graphoelements and artifactual signals. Scientific data7(1), 1-7.


4.6 Human Single Unit Data


  • Human single units with a declarative memory task (n=59):

主页:https://osf.io/hv7ja/

分析代码:https://github.com/rutishauserlab/recogmem-release-NWB

论文:Chandravadia, N., Liang, D., Schjetnan, A. G. P., Carlson, A., Faraut, M., Chung, J. M., ... & Rutishauser, U. (2020). A NWB-based dataset and processing pipeline of human single-neuron activity during a declarative memory task. Scientific data7(1), 1-12.


  • Human single units with a verbal working memory task (n=9):

主页:https://gin.g-node.org/USZ_NCH/Human_MTL_units_scalp_EEG_and_iEEG_verbal_WM

论文Boran, E., Fedele, T., Klaver, P., Hilfiker, P., Stieglitz, L., Grunwald, T., & Sarnthein, J. (2019). Persistent hippocampal neural firing and hippocampal-cortical coupling predict verbal working memory load. Science advances5(3), eaav3687.


第五部分 动物LFP数据


本节包含人类参与者的颅内数据(仅在临床背景下收集),包括脑电图(ECoG)数据集(有时也称为颅内EEG(iEEG)或立体脑电图(sEEG))以及任何可用的人类单项单位数据。


5.1 NeuroTycho


NeuroTycho主要为大多数猴子ECoG的数据集。


主页:http://neurotycho.org/


5.2 Collaborative Research in Computational Neuroscience (CRCNS)


主要是动物模型,包括细胞外录音,以及一些动物模型ECoG和iEEG的数据收集


主页:https://www.ieeg.org/

数据下载:https://crcns.org/data-sets/

论文:Teeters, J. L., Harris, K. D., Millman, K. J., Olshausen, B. A., & Sommer, F. T. (2008). Data sharing for computational neuroscience. Neuroinformatics6(1), 47-55.


5.3 Buzsáki Lab Webshare


其中包含在Buzsáki实验室中从啮齿动物收集的电生理数据集。


主页:https://buzsakilab.com/wp/

数据下载:https://buzsakilab.nyumc.org/datasets/


5.4 Individual LFP Datasets


  • LFP during during delayed reach-to-grasp task (macaque monkey, n=2):

主页:https://gin.g-node.org/INT/multielectrode_grasp

论文Brochier, T., Zehl, L., Hao, Y., Duret, M., Sprenger, J., Denker, M., ... & Riehle, A. (2018). Massively parallel recordings in macaque motor cortex during an instructed delayed reach-to-grasp task. Scientific data5(1), 1-23.


注:点击文末“阅读原文”可轻松访问文中所涉及的网页或链接。


来源:https://github.com/openlists/ElectrophysiologyData#open-datasets-in-electrophysiology

因个人精力有限,难免有不足之处。如有不当或遗漏,欢迎大家留言交流。谢谢!

排版:华华

校对:喵君姐姐

作者:Tom Donoghue

文章转载自公众号:流浪心球


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