一文学会circMIR 1.0软件使用方法

各位亲爱的小伙伴们，大家好~欢迎大家再次来到火火的数据库专栏。上周我给大家安利了一款活好不黏人的研究circRNA的小软件，可以增加circRNA的可视化程度，而且经本火亲自认证，在设计引物方面也是相当的靠谱。无独有偶，开发circPrimer软件的团队同时还开发了另外一款预测circRNA-miRNA交互的软件，circMir 1.0。看看这名字，circ+Mir，各位小伙伴是不是就已经有了一种天下我有的感觉呢？目前预测circRNA-miRNA的数据库有很多，光我之前介绍过的就有不少，那今天给大家按头安利的circMir 1.0又凭什么在江湖中立足呢？各位看官不用着急，且听在下娓娓道来~秉着解螺旋喂饭喂到嘴边的优良传统。
传送门：
circRNA查询？用这个就可以了
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硬核！这款circRNA肿瘤异质性研究神器，究竟有多强？
老司机都有的国产小软件，再不上车就来不及了！
一、软件安装与基本介绍
circMir的安装流程与circPrimer类似，下载好软件压缩包后，右键解压缩，大家重点关注“circMir”应用程序以及“help”说明书。后者提供了详细的中文版解说教程，如果火火哪里介绍的给大家带来了困扰，大家可以再仔细翻翻说明书喔~
双击“circMir”应用程序运行，进入软件主页面。circMir的功能相较于circPrimer比较单一，目的就只有星辰大海----查找与circRNA互作的miRNA。所以可以看到整个主界面分为了界限分明的三个Part：最左侧用于输入circRNA，中间用于输入miRNA，右侧用于图形化展示。
需要说明的是circMir数据库采用了miRanda (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do) 与RNAhybrid (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/) 两种程序来预测circRNA-miRNA交互，而之所以强调这一点是因为众多可以预测所结合的miRNA的circRNA数据库都是基于各大已知的相关miRNA数据库运作的。如之前介绍的circbank数据库是基于Targetscan及miRanda程序，而今天介绍的circMir数据库则是基于miRanda及RNAhybrid程序。不同的程序预测的原理都不甚相同，解螺旋生信体系课上篇段位3模块3第一节“miRNA交互背景知识”中为大家进行了详细的介绍，此处也不过多展开了，下面为大家截图进行了简要的说明。所以火火还是那句话，不要一棵树上吊死，建议多个数据库的结果交叉对比。买衣服还要货比三家呢，更别提这么高端大气上档次的科研任务~
二、软件实操详解
由于circMIR的功能就只有已知circRNA来查询相互作用的miRNA，所以操作非常简单，结果辅以图形化注释相当便于理解，对新手十分友好。既然如此，给大家提个小问题：如果你的课题组非常有钱，你的手头上拿着全转录组测序的结果，一堆差异表达的circRNA和miRNA，你现在想要查找这一堆circRNA和miRNA之间的关系，一共需要几步呢？
好家伙，丹丹姐早就告诉大家了，一共就只需要三步：输入circRNA，输入miRNA，点击“GO”。接下来便为大家秀一波操作：
STEP1：输入circRNA
首先在左侧栏输入circRNA。circMir数据库包含人（hsa）和小鼠（mmu）的circRNA和miRNA的数据，所以你可以输入hsa_circ_xxx也可以输入mmu_circ_xxx。一整个空白对话框都可以任你输入，想输入多少个分子就可以输入多少个分子，可以是查询某一个circRNA，也可以扔进去一堆，比如你的测序数据。需要注意的是，这里输入的是circBase ID，程序会根据输入的circBase ID自动调用序列，对检索不到的circRNA会用红字标出，比如这里我瞎写的hsa_circ_6666666666，由于不存在于circbase数据库中，软件给予标红显示。
用户同样可以将circRNAs名称和序列存为Fasta格式的文件，点击下方“circRNAs in fasta format”下的“…”浏览并选择Fasta格式的文件。需要注意的是“>”后面的circRNA名称不能超过50个字符，否则结果会不准确。
STEP2：输入miRNA
miRNAs的输入有以下三种方法（有三个可以点选的框框嘛）：
1. 在“miRNA”下方的下拉框中可以选择物种，程序会列出miRbase Release 21中该物种所有的成熟miRNAs名称，用户可以只选择其中一个miRNA或通过选择“ALL”来选定该物种所有的miRNAs。

2. 与输入circRNA类似，用户可以在“Multiple miRNAs”下方的框框中输入miRbase ID。程序会根据输入的miRbase ID自动调用序列，对检索不到的miRNAs会用红字标出，比如这里我瞎写的has-miR-270-5pfff。
3. 将miRNAs的名称和序列存为Fasta格式的文件，点击下方“miRNAs in fasta format”下的“…”浏览并选择Fasta格式的文件。与circRNAs一样，“>”后面的miRNAs名称不能超过50个字符，否则结果会不准确。
STEP3：点击“GO”
完成上述步骤后，点击按钮“GO”，程序将会逐步完成序列调用、预测、数据读取、结果导出和图形化显示。视输入的circRNAs和miRNAs数量的不同，预测时间也会有较大差异，circRNAs数量与miRNAs数量的乘积最好不要超过1万，否则会运行较长时间。
运行完成后，会依次出现以下结果：
首先是一个赤裸裸的试用版声明，让你认清贫穷的自己：
点击“确定”接受完嘲讽后，接着会出现一个表格：
在这里，当程序运行结束后，会自动打开写入了结果的Excel表格，用户可以“另存”或直接关闭，然后在程序根目录中找名为“miRanda_RNAhybrid+时间数字.xlsx” Excel（如下图所示）。Excel表中的数据是miRanda和RNAhybrid 两软件的交集。当miRNA与circRNA的结合位点位于circRNA剪切点时，软件会用红色字体标注该预测结果。此处没有红色字体当然是因为我举的例子太烂了~
机灵的小伙伴们肯定发现了根目录文件夹里同时出现了一个图像文件，双击点开康一下，发现就是运行结束后，图形化文件已经自动保存到根目录下了。该图像文件稍作修饰即可直接放到文章中做示意图了~用户同时可以通过下拉框更改图形显示的参数，如选择何种预测模型或者circRNA。
仔细瞅瞅输出的excel文件和图片文件，仿佛就明白了这个试用版的提示到底是什么意思了。大抵就是尽管输入了一堆分子分析，但是最后能展示出来的结果就只有一条，除非一个一个去输入……于是好奇的我去康了康软件价格，大家自行取舍。从小图可以看出来完整版的图形化注释很有nature communications杂志配图内味了~
最后说一下导出。在绘图区单击右键，即可出现导出菜单。如果只导出miRanda的预测结果则单击“Export miRanda results”；如果只导出RNAhybrid的预测结果则单击“Export RNAhybrid results”；如果要导出预测结果的列表则单击“Export Interactions”，导出Excel包含三个sheet页面，分别是miRanda和RNAhybrid软件的结果和两者的交集，导出的结果可以利用cytoscape制作网络图。最后这个便利可谓是让人疯狂心动了，cytoscape操作666的小伙伴们凭这个就又是一个好看的figure出来了哟~
敲黑板，划一下重点，吹了这么半天这款软件的优点到底在哪里呢？
首先，个人认为最大的优势就是可以批量处理circRNA与miRNA互作，尤其是对于那些有大批量全转录组学测序数据的小伙伴们，完全可以自己通过circMir来构建ceRNA网络，然后cytoscape一波带走啊；
其次，它可以直接把预测结果输出下载下来呀小伙伴们，简直直接戳中我的痛点，毕竟我也曾经是苦苦使用circbank预测然后一页一页复制粘贴结果的人……；
最后，软件直接反馈给各位用户一个可以使用的图形化注释的结构模式图，方便大家放到paper里面，简直是少妇体验呀~
彩蛋
想不到吧，今天的推文还有彩蛋~害，给坚持听我啰嗦到现在的小伙伴们再介绍几个小工具。上文也提到过，今天介绍的circMIR数据库以及上周介绍的circPrimer数据库都可以在http://www.bioinf.com.cn/网站上看到介绍，隶属于同一个研究机构开发的。该网站还有几个好用的功能简单说明一下，比如点击上方导航栏的“Convert ID”：
页面跳转到如下图所示。CircRNA ID的问题是进行circRNA研究需要解决的首要问题，目前大家公认的有circbase ID，而芯片或者测序数据往往给的是六位数ID，这个小工具可以帮助进行批量的circRNA ID转换，可以说是非常贴心了~
点击上方导航栏的“mirTargets”可以看到这是他们开发的第三款小软件，用于预测miRNA的靶mRNA或者mRNA的靶miRNA，软件页面与操作与今天介绍的circMIR类似，就不展开说明了，如果有小伙伴有需求，请在下方留言我们再讨论讨论~
写在最后
掐指一算，这篇推文是我写的第10篇推文啦！想想当时写第一篇的时候，还得被风风鼓励着才敢小心翼翼的尝试，到现在已经成长和学习了太多。非常感谢各位支持“挑圈联靠”公众号的小伙伴们，你们的热情也是我们写作的动力；感谢小雪球老师一直以来耐心的教导和帮助，把整个“挑圈联靠”大家庭打造的更加完美；最后致谢我的各位family members，每天包容和消化着我的开心与不开心，任性与小脾气，期待与你们的团聚！
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回复“火circMir”，即可领取软件安装包哟~
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撰文丨火 火
排版丨四金兄
值班 | 小雪球

主编丨小雪球
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