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R语言学习第一步：安装R包
从小白能懂的角度，聊生信方方面面。大家好，我是解螺旋的雪球。要想生信统计学的好，编程学习少不了。虽然数据库和软件的学习，可以解决生信学习过程中的部分分析，但是遇到一下高分文章中的高大上的可视化作图，仅仅靠数据库是完成不了的。R语言作为统计分析、可视化绘图、数据挖掘和机器学习的最常用的语言之一，是一款开源且相对简单的编程语言。在生信信息分析中有着广泛的应用。
1.什么是R包？
做生信，学习R语言，除了学习R语言的相关语法外，还要学习一些特定的R包。
什么是R包呢？
R包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合，包括R程序，运行该程序的其他语言，解释这个程序功能和方法的帮助文档，例子和测试数据等。
2.生信分析用到了哪些R包？
做生信分析主要用到了这四类R包。
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R自带了一系列默认包，包括base, datasets, utils, graphics, stats以及methods。这些包提供了很多默认函数和数据集，我们可以无需下载直接使用。
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R中提供了一些高级可视化的R包，包括ggplot2, ggpubr, ggsci, ggstatsplot, complexheatmap包等。
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R中提供了一些统计分析和机器学习的R包，包括survival, glmnet, randomForests, rms, e1071包等。
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另外，做生信分析还需要学习Bioconductor的相关内容。Bioconductor可以简单理解为基于R语言专门做生物信息学分析的众多工具包的集合。通过使用Bioconductor，可以快速查找公共数据库相关资源，可以快速地对芯片数据，高通量数据进行分析与可视化，快速进行若干生信相关的各种分析。
3.R包安装的4种方法
1
安装普通R包
安装R自带的函数直接安装包了，不需要考虑各种包之间的依赖关系，最简单。
对普通的R包，直接使用install.packages( ) 即可，或者从通过菜单栏的Tools——>Install Packages，输入包名即可，输入要安装的R包。一般下载不了都是包的名字打错了，或者是R的版本不够，或者镜像没有选择国内的镜像。
如果下载了安装不了，一般是依赖包没弄好，或者你的电脑缺少一些库文件，如果实在是找不到或者下载慢，一般就用repos=来切换一些镜像。
设置镜像，可以选择Tools选择，选择Global Options, 点击Packages选项，在Primary CRAN repository选项中选择一个国内的镜像。
install.packages("ggplot2") ##直接输入包名字即可
2
Bioconductor包安装
生信相关的R包，在各个搜索引擎中输入R包的名称，就可以找到该R包在Bioconductor包中对应的安装命令行。以limma包为例。在百度中输入limma
点击第二个词条，进入Bioconductor页面。
在Installation部分，即可找到安装的命令行。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("limma")
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从github中安装
所有的R包都提交上传到CRAN，如Github，需要通过一定的渠道进行安装
R安装devtools包
install.packages("devtools")library(devtools)安装github上的R包（需翻墙或改hosts）devtools::install_github('lchiffon/REmap')#q前为github的用户名，后为包名测试library(REmap)
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下载R包之后本地安装
以limma包为例。
在Bioconductor下载tar.gz安装包
把这个包放在一个绝对能够读取的路径，不能有中文字符的路径。
一行代码本地安装
install.packages("c\Downloadslimma_3.44.3.tar.gz",repos = NULL, type="source")
今天和大家就聊到这里。从小白能懂的角度，聊生信方方面面。我是解螺旋的雪球。我们下期再见。
往期回顾：
01 雪球说生信 | 非肿瘤研究领域有哪些生信分析套路
02 雪球说生信 | 如何用最短的时间入门生信
03雪球说生信 | 科研老司机是如何检索不同分子类型的信息的
04 雪球说生信 | 不用编程，锁定非肿瘤领域的关键基因
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