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近日,“基因型-组织表达研究联盟”(
Genotype-Tissue Expression Consortium
)结束了为期10年的多机构研究工作,在这一试图填补“人类基因组计划”空白的项目中,研究人员对来自838名死亡捐赠者49个组织的15,201份样本进行了RNA测序,并分析了每个捐赠者的全基因组测序数据。

9月11日,GTEx项目最后一期的15项研究成果最终发布,介绍了跨细胞类型和组织的遗传调控变异综合图谱,并分析了这些调控变化如何增加疾病风险和促进疾病特征的发展。
15项成果中有5项Genome Biology 发表。
GTEx项目成果
1
Primo: integration of multiple GWAS and omics QTL summary statistics for elucidation of molecular mechanisms of trait-associated SNPs and detection of pleiotropy in complex traits
DOI:10.1186/s13059-020-02125-w
为全面解释已知的性状相关SNP如何影响复杂性状,研究团队提出了一种Primo方法,用于对来自不同细胞条件或研究的系列omics QTL汇总统计数据进行GWAS统计数据的综合分析。Primo方法可研究SNP与复杂和组学特征的关联模式。在含有已知易感位点的基因区域,Primo可进行条件关联分析,以解释连锁不平衡问题。Primo允许进行未知的异质性和样本相关性研究。
2
sn-spMF: matrix factorization informs tissue-specific genetic regulation of gene expression
DOI:10.1186/s13059-020-02129-6
研究团队开发了一个受约束的矩阵分解模型sn-spMF,以学习组织共享的模式将其应用于GTEx项目的49个人体组织。学习因子(learned factors)可反映具有已知生物学相似性的组织,并识别可能介导组织特异性作用的转录因子。
sn-spMF可在https://github.com/heyuan7676/ts_eQTLs获取。
3
A vast resource of allelic expression data spanning human tissues
DOI:10.1186/s13059-020-02122-z
研究团队介绍并演示了从GTEx(v8)版本中生成的大量等位基因表达资源的实用性,其中包含15253个样本,覆盖54个人体组织,SNP级别的等位基因总计为4.31亿,单倍型水平的总量为1.53亿。此外,研究团队扩展了phASER工具,允许使用单倍型水平的等位基因数据估算顺式调节变体的效应大小。这是迄今为止最大的等位基因资源,且能够公开提供单倍型水平的等位基因数据。
4
Impact of admixture and ancestry on eQTL analysis and GWAS colocalization in GTEx
DOI:10.1186/s13059-020-02113-0
研究团队在GTEx(v8)中识别了117个具有高度群体混合个体的子集,并估计了全基因组的局部祖源信息。在七个组织中使用混合样本进行全基因组顺-eQTL定位,并通过祖源信息进行调整。最后,该研究确定了与本地祖先高度相关的一部分eQTL变体。为GTEx(V8)版本中的混合个体提供了本地祖先图,并描述了祖先和混合物对基因表达,eQTL和GWAS共定位的影响。
5
PTWAS: investigating tissue-relevant causal molecular mechanisms of complex traits using probabilistic TWAS analysis
DOI:10.1186/s13059-020-02026-y
研究团队提出了一种新的计算框架,即概率全转录组关联研究(PTWAS),以研究基因表达与复杂性状之间的因果关系。PTWAS应用工具变量分析的既定原则,利用概率eQTL注释来描述和解决TWAS中出现的独特挑战。PTWAS不仅具有比现有方法更高的功能,而且还提供了新颖的功能来评估因果关系假设,以及评估组织或细胞类型特异性基因对性状的影响。研究团队通过分析来自GTEx(v8)49个组织的eQTL数据和114个复杂性状的GWAS统计数据证明了PTWAS的强大功能。
关于 Genome Biology
创刊20年来,Genome Biology已经成为该领域中排名最高的开放获取期刊,5年影响因子(5 year IF)从1.45到19.04,累计发文量达6800余篇,篇均引用60余次,累计阅读近3千万次
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