TGen 正在进行 COVID-19 测试
3月初,在获得美国食品药品监督管理局(FDA)授予的基因组检测紧急使用授权(EUA)后,TGen 开始与联邦、各州、县、社区政府、私人医疗机构和其他机构进行合作,扩大亚利桑那州的 COVID-19 检测工作,以共同努力来克服这种对全球健康带来威胁的病毒。
TGen 的测试需要使用 RNA 分析来确定病毒是否存在,如出现阳性反应,TGen 的科学家将对患者进行基因组测序工作以确定特定的菌株、来源、移动和变异方式。
“实际上,美国疾病控制中心(CDC)和世界各国都在进行这些类型的测试,用来检测人们的呼吸道样本,也就是人们常说的鼻咽拭子检测。”TGen 病原微生物学研究部(Pathogen and Microbiome Division)联合主任 David Engelthaler 博士对此表示。“如果患者体内存在病毒,我们通常就可以从他的样本类型中检测出来,TGen 的测试可以准确的确定病毒是否存在于该样本中。”
鼻咽拭子检测示意图
每天可处理数百个样本
“实际上,我们可以用拭子来提取受检测人员的遗传物质——采集过程大约需要半个小时到一个小时——然后我们把样本放入聚合酶链式反应机中,大约45分钟便可得知检测结果。整个过程下来不到一个半小时。”虽然针对个人的检测时间并不算长,但是由于 TGen 每次需要测试多达上百个样本,因此整个实验室都在 24 小时通宵工作。他表示,截止到4月中旬,经临床实验室改进修正案(CLIA)认证的 TGen 实验室已经可以每天处理 600 个样本。
TGen 还对来自包括美洲原住民社区等特定社区的 COVID-19 疑似患者和出现症状的个体进行样本分析,并针对特殊群体如长期保健中心和监狱在押人员提供支持,为这些在疫情期间容易被忽视的群体提供帮助。
通过与希望之城医师、医学肿瘤学和治疗学系(Department of Medical Oncology & Therapeutics Research)助理临床教授Laura Goetz博士的合作,TGen 还为希望之城审查委员会提供了一份协议,希望能够为一线高风险医务人员提供全面测试。
“我们试图在病毒造成严重危害前发现它的存在,以便我们更好地了解它们的分布并有针对性的利用公共卫生资源。我们已经具备了高通量的实验室能力,使得我们可以扩大检测规模。现在,我们每天可以处理数百个样本,但是随着相关需求的提升,我们可以在很短的时间内开始每天处理数千枚样本。”Engelthaler 博士表示。
最终,TGen 的信息学团队和希望之城等多个医疗机构进行合作,使用数百名受感染患者的样本进行 SARs-CoV-2 的全基因组序列研究。目前为止,亚利桑那州的所有阳性患者已经超过 600 名,他们的样本都将提供给 TGen 进行病毒基因组测序。
“TGen 的强大之处在于‘用基因说话’,对基因组学进行研究。我们可以找到病毒株的来源,它们在社区中的传播方式,哪些病毒株和其他病毒株之间关联更大,观察和了解这种新的病原体在我们面前的演化过程,并对其进行更进一步的了解。”
这种方法具有许多优势,可以通过确定 COVID-19 在亚利桑那州内外的传播程度,以确定新出现的热点,协助控制和预防该疾病,从而使得整个医疗保险系统受益。
获得加州CLIA永久认证
不可忽视的是,TGen 正在分析来自公共卫生和保健机构的样本,它正在与亚利桑那州的卫生服务部门进行合作,同时采取具有预防性和前瞻性的方法:对可能感染冠状病毒的高风险患者进行直接检测,并进行社区性检测以发现整个亚利桑那州的 COVID-19 潜在患者。
除了获取了 FDA 的 EUA 紧急使用授权外,TGen 最近还完成了相关认证并获得了加利福尼亚公共卫生部(California Department of Public Health)在高复杂性实验室中进行病毒学测试的 CLIA 永久认证。
关键词
COVID-19
样本
病毒基因组
希望之城
实验室
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