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新冠疫情正在肆虐，全球感染人数已经超过150万。
然而，对于病毒从何而来，初始感染发生在何时，不同地区人群对病毒的抵抗力是否有所不同等问题，我们还没有答案。
目前，研究人员正努力揭开这些谜题。
近日，来自剑桥大学的研究人员通过基因网络技术重现了COVID-19病毒的早期进化与传播途径，尝试做出一些解答。
这项研究2020年4月9日发表在《Proceedings of the National Academy of Sciences》(PNAS)杂志上，其题目为《Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes》，中文译名为《SARS-CoV-2基因组的进化网络分析》。
该团队基于2020年3月4日前来自于世界各地感染者的病毒基因组序列，对这其中前160个完整病毒基因组数据进行了基因学分析，绘制了病毒进化图谱。
研究发现，COVID-19存在三个主要变体，不同“变体”间紧密相关。研究人员将这三种变体标记为“A”，“B”和“C”。
其中，变种“A”与蝙蝠和穿山甲中发现的病毒关系最为密切，是这次疫情爆发的根源；类型“A”经历了两次突变后产生了类型“B”；而类型“C”又来自于类型“B”。
剑桥大学的遗传学家彼得·福斯特（Peter Forster）博士说：“实际上发生了很多快速突变，无法完整地追踪COVID-19家族簇，我们使用了优化的网络算法来可视化所有可能的分支。”
160例SARS-CoV-2基因组的系统网络；图片：论文作者Peter Forster
类型“A”首先在武汉地区被发现，然而这并非武汉感染者所感染的主要病毒类型。存在于武汉地区的主要为类型“B”，该类型在整个东亚患者中普遍存在。
研究人员说，如果“B”型变种没有进一步的突变，便不会在该地区以外区域大量传播，东亚以外地区对“B”型COVID-19病毒产生了“抵抗”效应。
研究人员分析，“B”变体在东亚本地化可能是由“奠基者效应”造成的：当病毒是由一小群孤立的感染群体中建立一种新型病毒时，便会产生这种遗传瓶颈现象。
奇特的是，居住在武汉的美国人感染了了突变的“A”型病毒，同时，在美国和澳大利亚发现了大量的“A”型病毒患者。
而“C”型病毒变体主要存在于欧洲各国，在新加坡、香港和韩国病例中也有出现，但是在中国大陆样本中却没有发现该型病毒。
此外，研究人员通过对唯一一例墨西哥样本的基因组进行分析，发现该病例所携带的病毒基因组与意大利发现的病毒基因组相同，证明了该墨西哥患者是在意大利感染了新冠病毒（该墨西哥患者不久前曾前往意大利旅行）。
同时，根据基因组关系，意大利病毒可能源自与在德国Webasto公司工作的一名员工，而该员工可能是被一名中国同事所传染。
研究人员强调，这种遗传网络技术可以准确地追踪既定的感染途径，其意义不仅在于研究感染者所携带病毒基因进化关系。
更为重要的是，这种系统性方法可以应用于最新冠状病毒基因组分析，从而帮助预测未来疾病传播趋势，进而为控制疫情提供有力的参考。
消息来源：
https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins
编辑/审核：Andy
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关键词
SARS-CoV-2
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