By 超神经
场景描述:利用机器学习的方法,对病理学中的组织样本切片显微图像,进行虚拟染色,从而来避免传统染色方法的弊端。辅助医疗人员更便捷的进行诊断。
关键词:CNN,图像处理,医疗辅助
医学上的诊断,有很多是通过图像观察的过程。而提到图像处理,那 AI 就大有用武之地。
在活体组织切片观察的病理学检查中,需要对样本的极薄切片进行染色,然后用显微镜观察图像以进行病理诊断。这个问题从 AI 的角度来看,就是一个图片准确上色的问题。
在最近的一项报道中,研究人员通过机器学习的方法,对切片的虚拟染色获得了极高的准确度,基本可以代替人工的染色过程。
传统的组织样本切片染色
组织样本的显微成像是用于诊断各种疾病的基本工具,并且是病理学和生物科学的常用使用方法。
具体的操作就是取下很小一块身体组织,通过对这个样本的处理分析,以达到检查和诊断的目的。
传统的染色方法有严格的过程和操作
取出样本后,要将其切成薄片,其厚度为几个微米(百万分之一米)。这些薄的组织切片在微观尺度上包含了患者状况的信息。
而在标准光学显微镜下,未处理的切片几乎分辨没有区别。只能用染色的方法来增加辨识度,在历经多年的病理学中发展中,医生们创建了很多种组织染色方法。
但组织标本的传统染色过程耗时而且复杂,需要有专门的实验室基础设施,化学试剂以及训练有素的技术人员。
用 AI 实现数字染色
那么 AI 是怎么进行染色的呢?
虚拟图像染色利用了机器学习的方法,通过使用之前染色的资料,用深度卷积神经网络( CNN )对样品的单个自发荧光图像进行上色。
在操作时,先对未染色的组织切片,先拍摄出它自发荧光下的显微图像。
然后用生成对抗网络( GAN )训练的 CNN ,就可以快速的将未标记的组织切自发荧光图像,转换成类似试剂染色的图像。
AI 虚拟染色的流程图
这种基于深度学习的方法,完全没有传统步骤的繁琐,通过计算机训练模型,最终输出上色后的图样,能极大的节省成本和时间。
该研究由加州大学洛杉矶分校的研究团队完成,研究成果发表在了 Nature Biomedical Engineering 杂志上。
论文地址:https://www.nature.com/articles/s41551-019-0362-y
真的有那么好吗?
那么 AI 虚拟染色的实际效果怎么样呢?
为了判断虚拟染色的效果,研究人员使用了「盲审」的判定过程。
由经过董事会认证的病理学家来进行评判,不告知是试剂染色还是 AI 虚拟染色的情况下,让他们独立的进行分辨。
最后的结论显示,在染色质量上,AI 生成的虚拟染色相比于之前的方法,产生的医学效果与之前的想比,没有显著的差异。
研究者也对一些样本,在虚拟染色之后用常规方法做了染色,从得到的图样中,可以看到 AI 的方法并不逊色。
第一列是增加对比度的图像,第二列是原始自荧光图像,第三列是 AI 虚拟染色,第四列是一种传统的方法:Masson 三色染色。针对的是肝和肺的切片样本。
这种新的方法被证实可以用在不同的染色和人体组织类型中,包括常规的唾液腺,甲状腺,肾,肝和肺的切片。
他们称,下一步需要进行大规模的随机临床研究,以验证 AI 染色图像诊断的准确性。
技术还能做到哪些?
利用 AI 染色的方法,只需要标准的荧光显微镜和简单的计算机,因此在资源有限的环境和条件下,具有变革性的优势。
该研究的领导者 Aydogan Ozcan 说到,「这项技术可能会改变临床组织病理学工作流程因为技术的涉入,染色过程变的快速又简单,而且无需专业技术人员或先进的医学实验室。」
对于这个方法的可扩展性,他补充到,「基于 AI 的虚拟染色框架也可用在手术室中,比如快速的评估肿瘤边缘,为做手术的外科医生提供便利甚至是关键性的指导。」
此外,这个研究另一个主要影响,是有助于将整个染色过程的标准化。利用 AI 的方法,能防止技术人员和操作环境不同导致的差异性,从而避免活检的误诊或误分类问题。
超神经小百科
分离超平面 Separating Hyperplane
分离超平面是指将两个不相交的凸集分割成两部分的一个平面。
在数学中,超平面( Hyperplane )是  n  维欧氏空间中余维度等于  1  的线性子空间。
对于低维度,也即是平面中的直线、三维空间中的平面。
历史文章(点击图片阅读)
懒癌福音,
谷歌员工发明自动还书机器人
大幅提高天气预测准确度,
微软团队登顶数据竞赛
「你是我的眼」,
科技公司用技术带来光明
AI 百科
教程
数据集
商店
更多
http://hyper.ai
继续阅读
阅读原文