导言
液体活检(liquid biopsy)可以通过测定体液(例如血液)中的某些指标来推断人是否可能有某种疾病(例如癌症)。这一领域近年来面临着前所未有的巨大机遇与挑战。一方面,人们越来越清楚的认识到体液中蕴含的疾病的“密码”;另一方面,受技术手段的限制,从体液中捕获测定这些重要的密码,无异于大海捞针。今天的《自然·生物医学工程》期刊在线刊登了国家纳米科学中心孙佳姝团队开发的最新技术平台。基于这一平台,他们构建了一套简单而廉价的液体活检癌症筛查方法:只需少量血清(1微升,通常采血管采血量的1/5000),检测其中的细胞外囊泡,就可以在20分钟内对6种癌症进行早期筛查,并区分不同的癌症类型。我们今天就来解读一下这一平台是如何工作的。非常幸运的是,我们也采访到了本文的第一作者,他对本文进行了技术把关和问题解答

液体活检的蓝天与乌云
活检是许多疾病(例如癌症)的诊断金标准。传统意义上的活检,人们需要通过切取或穿刺等手段将疑似病变组织取出,然后对它进行病理分析。这一手段虽然大多数情况下可以较好地反映疾病的真实状态,但也会由于取样手段的限制导致漏检误诊。并且,取材的过程往往需要手术,给病人带来痛苦和更高的医疗成本。
液体活检则与传统的穿刺活检不同。通常情况下,人们只需要取出某种体液(例如血液),并对其中的某些成分(如循环肿瘤细胞、循环肿瘤DNA和外泌体)进行分析,即可对疾病做出诊断。液体活检明显比穿刺活检更加简单易行,对患者造成的创伤也更小。在过去,某些特定肿瘤的血液标志物已经成为体检或医院常规的筛查手段。人们也一直畅想着在未来,医院只需要取出一滴血,就可以看到所有的致病特征。业界也看到了这一领域的广阔空间,对相关领域寄予厚望。
图1 传统活检与液体活检对比[1]
然而,高效液体活检的实现,却并不简单。首先,人们必须找到血液中或体液中某种标志物与疾病的关系。其次,这些待检测物质与体液中繁杂的细胞,蛋白,各类因子相比,往往含量是沧海一粟。实际的测定过程,如大海捞针一般。
巨大的前景与巨大的挑战并存下,科学家,商业公司和投资人都没有停止自己的脚步。然而今年5月,一本名为《Bad Blood》的畅销书将这一领域内绝对的明星公司推下神坛:价值10亿美元的Theranos,原来是造假的。他们所谓的一滴血测多种癌,根本就没有办法实现。“滴血验癌”和“液体活检”,也从“行业风口”变为“爆出造假的雷区”。这一事件也成为一朵乌云,笼罩了整个领域。

EV+热泳+核酸适配体
但终究,大雨只能洗去表面的浮尘,却带不走有着扎实根基的磐石。北京时间,1月21日,国家纳米科学中心孙佳姝团队在顶级学术期刊《自然生物医学工程》在线发表论文[2],展示了他们的技术平台,在滴血验癌的领域取得了重要突破:使用1微升(通常采血管采血量的1/5000)血清中细胞外囊泡的膜蛋白表达状况,在20分钟以内能够对六种癌症进行早期筛查与分类。
细胞外囊泡(Extracellularvesicles, EV)是人体细胞(包括肿瘤细胞在内)分泌到胞外环境的具有膜结构的囊泡,直径在30– 1000 nm之间。以往研究发现EV携带了母细胞的多种蛋白质、核酸和磷脂等重要分子信息。癌细胞与正常细胞所分泌的EV呈现出不同膜蛋白特征,而这些特征差异就可以用于癌症的筛查与诊断。细胞外囊泡作为液体活检标志物中的后起之秀,相对于循环肿瘤细胞与循环肿瘤DNA,在血液中的含量丰富,其分析不需要采集大量血液。此外由于膜结构的保护,外泌体膜蛋白在长期冷存的血液中依然能够被分离和检测出来
然而,将EV分析检测广泛应用于临床并不容易。通常人们需要长时间的超速离心从血液中提取EV,而且容易受到共沉淀的杂蛋白的影响。而后续膜蛋白分析手段如酶联免疫吸附实验、蛋白免疫印迹和质谱,需要专业技术人员操作,过程复杂繁琐,成本高耗时长。因而,迫切需要一种更加简单、快速、廉价的EV分析检测手段。
热泳与核酸适配体巧妙地结合提供了绝佳的解决方案。
核酸适配体(Aptamer)是一种经体外筛得到的结构化的寡核苷酸序列(RNA或 DNA),能够像抗体一样,对相应的靶标分子有很强的识别能力和高度的亲和力。(点击阅读原文,了解更多关于核酸适配体的信息)核酸适配体尺寸只有2 – 3 nm,能够充分识别EV表面有限的空间内分布的膜蛋白。首先,研究人员将0.1 μL的血清样品进行稀释,然后加入了具有识别特定癌症相关膜蛋白的荧光核酸适配体。这样一来,带有荧光的核酸适配体就会结合到携带这种膜蛋白的EV上,把癌症的信息标记出来。此时,由于所有的EV在溶液中都是分散存在的,荧光也处于均匀分散的状态,荧光值较低无法被读出。但罪恶的肿瘤信息,已经被核酸适配体打上了印记。
图2 核酸适配体标记EV
接下来,科研人员使用了一种叫做热泳的技术实现荧光信号的放大读出。热泳是颗粒在温度梯度内的定向运动,是一种能够有效操控纳米尺度物体的有效机制。通过一束非常细的激光照射溶液中的局部,照射部位产生极强的温度梯度使EV定向游动到照射点下方温度较低的区域。同时样本液体局部受热膨胀产生对流,与热泳合伙,快速地将大范围区域内EV聚集在照射点。在短暂的激光照射后,起初分散的被标记荧光的EV就会在照射点聚集上千倍,就可以被仪器清晰地识别。荧光亮度的强弱就直接反映了膜蛋白的表达高低。这种方法的妙处还在于无需复杂的EV分离提纯而直接检测:如果某个单独的核酸适配体分子没有标记在EV,由于其尺寸较小,是不会被汇聚在成像点上的;如果某个EV分子跟肿瘤无关,那么他就没有被标记应该,即使被汇聚,也不会被仪器读出来;所有的亮点都是被标记的肿瘤相关EV。
图3 热泳的实现方法
图4 针对EV尺寸范围(30-1000 nm)的热泳信号放大

机器学习助力癌症区分
接着,科研人员研究了EV膜蛋白检测对癌症诊断的能力。他们取了60份癌症患者(6种癌症:乳腺癌、肝癌、肺癌、淋巴癌、卵巢癌与前列腺癌各10份)与10份健康对照的血清样本,对每份样本进行7种抗原多靶标检测,用检测结果训练机器学习分类算法。在训练中发现对癌症检测的灵敏度与特异性都接近100%,曲线下面积达到1.000!
为了验证这一平台的实用性,研究人员又进一步对102份病人(以上6种癌症,I–IV期)的血液样本进行单盲检测:同样达到了接近100%的灵敏度与特异性。并且,即使是对I期癌症这种早期的情况,这一系统的检测的灵敏度仍旧达到95%以上!对这六种癌症进行分类的准确率也达到了68%。
图5 基于7抗原体系的交叉检测分析技术
尤其值得一提的是,通过检测前列腺穿刺患者血清样本中EV膜蛋白表达,能够有效区分前列癌与其他良性增生,曲线下面积达到0.94。相比之下,当前临床常用标志物PSA的检测只有0.68。这一基于EV膜蛋白的液体活检技术,相比于当前临床确诊前列腺癌的手段而言,具有更低假阳性率、无创、监测术后复发等优势。绝对可以说是目前液体活检领域的重大突破。
图6 TAS 区分不同肿瘤阶段与分类
图7 TAS 区分前列腺癌与良性病变
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作者专访
幸运的是,我们采访到了本文的第一作者,他热心的解答了我们的疑问。
问:EV在临床中可能还有哪些应用呢?
答:基于EV携带标志物的检测,除了可以用于癌症的筛查与复发监控,还可应用于治疗方案评价、预后以及靶向给药成像方面。
问:EV是所有肿瘤都存在的现象吗?
答:几乎所有的哺乳动物细胞都会分泌EV,理论上所有肿瘤都会产生EV。
问:只取那么少体积的血液,会不会影响到检测的重复性?
答:EV在血液中的数量极多,1微升血液中约有100,000–1,000,000个EV,足够产生具有统计意义的结果。研究结果显示测量的批次间差异小于25%。
问:用热用富集EV是根据尺寸吗? 如何做到高特异性呢?会不会有类似大小的颗粒存在血液里面。
答:通过优化样本室尺寸与底部导热材料,热泳可选择性富集直径30–1000 nm的颗粒,涵盖EV的尺寸范围。血液中的低密度脂蛋白与乳糜蛋白的尺寸也会落入这个区间,但无法被荧光核酸适配体标记,对检测不产生影响。
问:目前这一体系还有哪些比较难以解决的问题?
答:EV的膜内蛋白与核酸的检测,以及多抗原的同时检测。
问:这一平台是如何从课题组内研发出来的?
答:自2011年,加入国家纳米中心以来,我们就在微流控颗粒分离、操纵和分析检测领域开发了多项前沿技术。可以说,我们多年的技术积累对于最终实现EV分离起到了重要的作用。同时,我们受到了来自谭蔚泓院士(核酸适配体专家),生物学家,临床医学专家大力支持与广泛的建议。最终促使我们的技术平台向癌症筛查的成功转型。
问:之后平台的发展方向是什么?
答:发展EV膜内蛋白与核酸的检测方法,使之成为通用的EV检测平台。
参考文献:
[1] https://www.genengnews.com/topics/translational-medicine/liquid-biopsy-predicts-colon-cancer-recurrence/81252922/
[2] DOI:10.1038/s41551-018-0343-6.
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