专业设置
哈佛大学共有50个本科专业，开设近3900门本科课程。许多专业属于跨学科的交叉性专业。哈佛大学原则上允许专业联修，亦即可以同时选修两个专业，一个为主修，一个为副修。但有些专业却不参与联修，也就是说，如果你选修这些专业，就不能再副修别的专业；或者你已主修别的专业，则不可再副修这些专业。一般而言，不能联修的专业往往自身已有一定的多学科特点，所以没有必要再同别的专业联修。
最流行专业
下面是2017 年的22个最流行的专业，也就是选修人数最多的22个专业。下列选修人数的格式为a+b+c，a=单修该专业人数，b=主修该专业、副修另一专业的人数，c=主修另一专业、副修该专业的人数。
1.经济学： 660人（不能联修）；
2.计算机科学：394+59+41；
3.政府学：324+16+2；
4.应用数学：305人（不能联修）；
5.心理学：249+0+0；
6.社会研究（Social Study）：217+15+0；
7.社会学（Sociology）：140+0+3；
8.统计学：154+19+26；
9.分子与细胞生物学：150人（不能联修）；
10.英文：144+9+11；
11.历史：136+9+5；
12.历史与文学：147+24+0；
13.历史与科学：105+7+1；
14.人类发育与再生生物学：123人（不能联修）；
15.综合生物学：110人（不能联修）；
16.工程学：107+1+2；
17.人类进化生物学：95+0+0；
18.数学：79+30+77；
19.机械工程72+0+0；
20.物理学：56+60+21；
21.化学：65+8+1；
22.哲学：58+15+28；
特殊专业（见下介绍）：7人（不能联修）。

专业分布特点
理科方面，计算机科学最热门，有494人。此外，数学是一门中央科学，与其密切相关的应用数学、统计学、和数学三个专业共有690人（包括所有联修，很可能有重复计算），是一个最庞大的学科。这两个大学科共吸引1184名哈佛高材生。
其次，生物学是另一门中央科学，与其密切相关的分子与细胞生物学、人类发育与再生生物学、综合生物学、人类进化生物学、和生物医学工程（40人）五个专业共有518人。与化学相关的专业有分子与细胞生物学、化学、化学与物理生物学（47人）、化学与物理学（40人），共四个专业311人。与物理学相关的专业有物理学、化学与物理生物学（47人）、化学与物理学（40人），地球与行星科学（25人）、天体物理学（19人），共五个专业268人。这三个大学科共吸引1097名哈佛学霸。
文科方面，不能联修的经济学最热门，有660人。此外，历史是一门中央科学，与其密切相关的历史、历史与文学、历史与科学、及艺术与建筑史（38人）四个专业共472人。社会研究和社会学两个专业合在一起共有375人。此外，政府学有342人，心理学有249人，也都是比较庞大的专业。这五个大学科共吸引2098名高智商英材。
哈佛的工科有三个本科专业，分别为工程学、机械工程、和电工程（40人），共222人。
由上可见哈佛本科生的专业分布特点为，理科方面以计算机科学最庞大，其次是数学、生物学、化学、和物理学。文科方面以经济学最庞大，其次是历史、社会研究、政府学、和心理学。总体而言，文理科比较均衡、实力雄厚，而工科较弱。另一特点是传统学科已明显分支、交叉、融合，形成许多新的跨学科专业。
值得指出的是哈佛还有一个所谓的“特殊专业”。这样的专业通常涉及三个或更多个学科的内容。这样的专业是学生根据自己的兴趣、爱好、和特长，在相关老师的帮助下自行设计而成。选修这样的专业需要先提出申请，陈述专业特色及完成计划，得到批准后方可实行。2017年这个专业有7人，2010年有29人，是近11年来最多的一年。这个特殊专业的存在，充分反映了哈佛大学因材施教教育方针的极端灵活性。
最后，医学和法学没有本科专业，研究生专业的情况要复杂得多。
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